Ünlü düşünür Anaksagoras’ın anavatanı olarak bilinen ve Fonia konfederasyonunun 12 şehrinden biri olan Klazomenai’nin tarihi saptanamaz. Her ne kadar şehrin Kolophons tarafından bugünkü İskele’nin yerinde kurulduğu doğruysa da İyon Ayaklanması sırasında Persler’den kaçmak için yakındaki adaya (Karantina Adası) taşınmıştır. Tarihçiler Plinius ve Pausanians’a göre daha sonra Büyük Alexander adayı karaya bağlayan bir yol inşa etmiştir. Roma döneminde bağımsız bir şehir olan Klazomenai önemli bir ticaret merkezi olarak bilinirdi.